La chiesa fu eretta nel 1653 e comprendeva anche una struttura destinata a servire da sede e residenza per i Cavalieri di Malta. Questo ordine, sia religioso che militare, si distinse durante le Crociate combattendo contro i Turchi per la difesa del Santo Sepolcro. Proprio da questo ordine venivano selezionati i comandanti delle galere pontificie, stazionate nel porto di Civitavecchia per contrastare le incursioni dei pirati. Era quindi essenziale per loro disporre di una residenza e di una chiesa in città. Tuttavia, nel 1830, l'ordine si spostò a Iesi e vendette tutti i suoi beni, che furono acquistati dal marchese di Civitavecchia, Calabrini.

Nel corso del XX secolo, la chiesa subì un lungo periodo di trascuratezza, aggravato dai bombardamenti del 1943. Recentemente sconsacrata, è stata trasformata nella sede della Caritas diocesana e di altre organizzazioni umanitarie.